Действие игры происходит в постапокалиптическом будущем на территории бывших Соединенных Штатов Америки спустя двадцать лет после глобальной пандемии, вызванной опасно мутировавшим грибком кордицепс. В течение игры её герои, контрабандист Джоэл и девочка-подросток Элли, пытаются пересечь континент, сталкиваясь в опустевших городах с различными опасностями — бандитами, каннибалами и обезумевшими жертвами кордицепса, напоминающими зомби. Игру отличает высокая сложность и необходимость действовать скрытно — игрок должен по возможности избегать встреч с врагами, действуя незаметно и экономно расходуя боеприпасы.

Особое влияние на игру оказал эпизод из предыдущей игры студии, Uncharted 2: Among Thieves, где главный герой Натан Дрейк и проводник-шерп Тэнзин, не говорящий по-английски, вместе преодолевали препятствия, обследуя ледяные пещеры. Хотя этот эпизод занимал в рамках игры относительно небольшое место, сценаристы постарались показать растущую дружбу между Дрейком и Тэнзином. Идея показывать через геймплей возникновение и укрепление отношений между героями стала основой для создания Джоэла и Элли и их отношений. Дракманн особо упоминал как источник вдохновения фильм братьев Коэнов «Старикам тут не место»: в частности, его поразило отсутствие саундтрека — тишина за кадром, по его словам, делала напряжённую обстановку «почти осязаемой»[30]. В процессе разработки игры Дракманн и Стрэли изучили большое количество постапокалиптических книг и фильмов, но посчитали более полезными невымышленные события, такие как всемирная пандемия «испанского гриппа» 1918 года или эпидемия полиомиелита в США в 1880-х годах. Именно в результате изучения исторических книг сценаристы отказались от идеи злодея, который должен был бы преследовать героев на протяжении всей игры, и посчитали более привлекательной ситуацию, в которой игра была бы лишена однозначно плохих или однозначно хороших персонажей, и игрок не мог бы быть уверен, что Джоэл и Элли поступают всегда верно[31]. Среди компьютерных игр источниками вдохновения для The Last of Us послужили такие игры, как Ico и Resident Evil 4: первая как образец взаимодействия между героями, вторая как образец захватывающего экшна. Дизайнер The Last of Us Рики Камбье отмечал, что разработчики пытались создать игру, посвящённую выживанию, настолько реалистичную, насколько это возможно, в которой поступки героев были бы приближёнными к реальности[32]. Дракманн отмечал, что сценарий The Last of Us должен был «поднять планку» для других разработчиков компьютерных игр, поскольку, по его мнению, стандарты в этой отрасли не так высоки, какими они должны быть[33][34].